Il convento si snoda intorno ad un chiostro, con cisterna centrale, ormai impoverito da antico tamponamento degli archi.

Il corridoio d’accesso è decorato con affreschi che illustrano la vita e miracoli di San Francesco, tratte dalla Legenda Maior di San Bonaventura, è un’opera del ‘600 forse di Giovanni Antonio Polidori, fratello di Andrea, e bottega.

A piano terreno l’edificio mostra strutture possenti ed eleganti saloni con copertura a crociera incompleta. Qui trovavano posto tutte le Officine necessarie ai Religiosi: il refettorio, la canova, la cucina e le stanze per vari servizi.

Il camino della Sala del Camino venne acquistato dal proprietario in un castello vicino che stavano demolendo. La parte rifatta in legno era dipinta in grigio ed era già fatta così. Il disegno non è perfetto. Lo stemma è della famiglia che lo possedeva, che però non è ancora stata identificata…

“Sopra i dormitori; due doppi con 24 stanze (celle da cui sono state ricavate le camere), un terzo con stanze più ampie, perché forse il Cardinale voleva conservarle per sé (le attuali Suite). Il quarto è solamente la Loggia (oggi l’appartamento).”

Al primo piano la struttura risulta più debole a causa di molti rifacimenti per adattare gli spazi ad uso diverso, anche se vi si intuiscono soluzioni originali.

Il convento era dotato di dependance e di articolate zone di servizio. Sia il convento che la chiesa che la Via Crucis, per la quale si accede alla chiesa, erano decorati con affreschi di Andrea Polinori e della sua bottega.