Durante gli ultimi lavori per la ristrutturazione del complesso per la trasformazione da abitazione privata a resort, è stata trovata nel prato presso gli archi (scomparsi) sotto i quali passavano le acque della sorgente nel bosco, una tomba romana a cappuccina, molto povera, priva di qualsiasi corredo. Studiata dalla Soprintendenza Archeologica di Perugia, potrebbe indicare la presenza della necropoli presso una “domus rustica”, una villa di campagna presso la quale c’erano anche le abitazioni degli schiavi o dei contadini. Non c’è traccia dell’abitazione padronale che forse era dove nel Medioevo venne costruita la prima chiesetta di San Pietro.

La peculiarità e l’amenità del luogo, un bosco ricco di acque su un pendio aprico, unita alla persistenza di memorie legate alla sfera sacra e magica, potrebbe aver determinato il sorgere di un “fanum” (tempio, luogo di culto), forse preesistente al complesso agricolo, in un territorio fortemente romanizzato e pagano dove la presenza di altri templi è ancora ben visibile.

E come in altri casi avrebbe potuto essere trasformato in aula cristiana o piccola ecclesia con cenobio che col diffondersi del monachesimo benedettino diventarono monasteri e abbazie. La dedicazione al Principe egli Apostoli era propria dell’età altomedioevale, e a lui fu consacrata la maggior parte delle chiese abbaziali.

Dell’esistenza di tale chiesa testimoniano alcune pietre “vaganti” trovate in loco con incisioni stilisticamente affini a quelle di antichissime chiese vicine, quali la chiesa abbaziale dei Santi Fidenzio e Terenzio.

San Pietro sopra le Acque può aver fatto parte della “rete” di luoghi consacrati posti a corona intorno all’antico e ormai decaduto “Vicus ad Martis” e al borgo altomedievale di Massa. Ma dobbiamo arrivare al 1275 per avere l’unica antica indicazione sulla nostra chiesa, senza però riuscire a sapere se fosse ancora una chiesetta altomedievale o un edificio romanico.